A bonsai nevelés tudománya i.e. 400 körül alakulhatott ki. Ekkor került hatalomra Csin Si Huang Ti császár, aki nagyszabású reformokat hajtott végre, és akinek kiállított agyaghadseregét megcsodálhatta a világ. Hatalmi céljainak megvalósításához kíméletlenül leszámolt ellenségeivel. Mint a legtöbb önkényúr, félt a merényletektől, ezért állandóan vándorolt egyik palotájából a másikba. Csak legbizalmasabb emberei tudták, hogy 50 palotája közül éppen melyikben tartózkodik. Számunkra ez azért érdekes, mert kedvenc tárgyait - köztük növényeit is - magával vitte, bár azt nem tudjuk, hogy ezek között volt-e bonsai. Ebből a korból maradt fenn egy legenda Csiang Feng varázslóról, aki mágikus erejével olyan kicsivé tudta varázsolni a hegyeket, az erdőket, a fákkal, házakkal, emberekkel együtt, hogy elférjenek egy tálban. Lehet, hogy Csiang Feng volt az első aki bonsai -t készített?

A császár halála után, i.e. 206-tól i.sz. 220-ig a Han dinasztia uralkodói kormányozták az országot. Ebben az időszakban a birodalom felvirágzott, ami kedvezően hatott a kertkultúrára is.

Az ebből a korból fennmaradt emlékekből tudjuk, hogy a környező tájak, hegyek lekicsinyített utánzatait tálba helyezték. Ezeket az alkotásokat penzsingnek hívták, amelyet eleinte csak sziklautánzatok voltak, s csak később ültettek be miniatürizált növényeket is. Többek között elkészítették kicsiben a császári paloták kertjeit. Ezeknek kultikus szerepük is volt, mivel a császárt félistenként tisztelték, a palotákat pedig szent helyeknek tekintették. Japánban a buddhizmust a VI. századtól kínai szerzetesek kezdték terjeszteni. Valószínűleg ők vitték magukkal kultikus tárgyakként az apró növényeket, amely hamarosan Japánban is népszerű lett. Így alakult ki a mai értelemben vett bonsai, a japán filozófia egyik kifejezési módja. E filozófia szerint a természet és az ember a föld gyermekei, tehát testvérek. A bonsai kultúra igazi felvirágzása a XII. századra tehető.

Bonsai -ként erdei fákat, egész erdőket lehet a lakásba varázsolni. A bonsai - készítés mesterei megfigyelték a természetben előforduló fák alakját, és jellemző formájukat utánozva különböző stílusokat alakítottak ki. Egy fa csak akkor bonsai, ha valamelyik stílusba sorolható. Ezeknek a stílusoknak szigorú előírásaik, részben esztétikai, részben kultikus szabályaik vannak. A bonsai feloldja a lakás és a kert közötti ellentétet, behozza a természetet a lakásba.

Európába a különlegességnek tekintett bonsai -t először a portugálok hozták be 1500 körül. Az 1878-as, 1906-os és az 1909-es világkiállításon egész Európa megismerhette. Minden alkalommal Japánból hozták be a fácskákat, amelyeket a közönség megcsodált, majd a kiállítás után a kertészek az otthagyott növényeket kiültették a szabadba, hogy ne legyenek beszorítva egy szűk cserépbe. Így azok hirtelen növekedésnek indultak, és éppen bonsai mivoltuk szünt meg. Egy magyar utazó 1906-ban megjelent könyvében azt írja: "Ha leány vagy fiatalasszony van a háznál, úgy az alkóv virágedényének nagy tálcáján igazán művészi miniatűr tájképek vannak élőfákkal, hegyekkel, tóval, vízzel, házakkal és emberekkel, vagy pedig színes homokból oly módón készítve, mint a mozaik-munkák nálunk." Majd a második világháború terjedt el egész Európában.

Magyarországon 1980 körül terjedt el széles körben a bonsai készítés, bár korábban is volt már néhány kertész, akik külföldi útjaik során találkoztak a bonsai -jal, és némi kísérletezés után szép fákat neveltek. Mostanában már több bonsai egyesület van az országban, ahol megtanulható a nevelés csínja-bínja. Ezek a klubok rendszeresen kiállításokat rendeznek, ahol bemutatják hazai fákból, saját kezűleg készített alkotásaikat.